Как и в любой другой деятельности в таможенном оформлении грузов необходим качественный контроль в целях безопасности и обеспечения выполнения условий таможенного кодекса. Такой контроль осуществляется таможенными органами.

Таможенный контроль производится в различных формах. Это могут быть устные опросы, видеонаблюдение, проверка сведений и документов, проверка марок и знаков идентификации товаров, полный осмотр транспортных средств и перевозимых товаров, а в некоторых случаях личный дополнительный досмотр.

Различают одно- и двухсторонний таможенный контроль. Односторонний контроль это проверка груза только одной страной, а двухсторонний – осуществляется таможенными органами обеих стран. Также возможен неоднократный контроль, к примеру, при двойном пересечении границы.

Особое внимание уделяется таможенному контролю транспортных средств: контроль речных, морских и воздушных судов, проверка железнодорожных составов, а также автотранспортные средства. Проверяются все необходимые документы на транспорт, и проводится их полный осмотр. Все это предотвращает мошеннические операции и нелегальную транспортировку грузов.