Несмотря на очевидные преимущества автоперевозок, существуют и минусы этого вида доставки грузов. Во-первых, это сильное увеличение себестоимости перевозок при дальности маршрутов свыше 2000 километров.

Во-вторых, большая зависимость от погодных условий: в зимний сезон количество доступных для автомобильного транспорта маршрутов значительно сокращается, как и весенние паводки способствуют уменьшению проходимости дорог. В-третьих, недостатки автомобильных коммуникаций и состояние дорог в разных российских регионах. В-четвертых, аварийные ситуации из-за поломок машин, ошибок водителей, да и просто погодных условий. И, наконец, в-пятых, ограничения веса и габаритов груза. Кроме того, именно при автоперевозках чаще всего происходят разбойные нападения, угоны машин и хищения грузов.

Немаловажным недостатком для автомобилей является и фактор наибольшего загрязнения окружающей среды.

Тем не менее, простота и удобство автоперевозок, возможность выбора маршрута делает этот вид транспортных услуг достаточно востребованным.